寻求第三方代理机构或者自己申请专利这两种方案的最大区别就是——专业与不专业的区别。
1.专业、更省力，保证发明人或者合法受让人正确地办理取得和维持专利权的各种法定手续。
办理专利事务是一项复杂而又细致的工作，它涉及法律、经济、科学技术及科技文献等多方面的知识。
申请一项专利往往要花费相当的人力、财力，所以在决定申请专利之前，首先要对有关申请的利弊进行详细分析
，包括对申请的内容进行专利性分析，判断是否能够获得专利的保护，对申请内容的实施前景作出预测，以判断该技术有无申请的经济价值。
此外还要对申请的时机、申请的种类进行分析选择。如果申请人不熟悉专利的法律规定及怎样申请专利，又不委托专利代理人
，就不能有效地维护自己应有的权利，甚至会丧失本应该得到的权利。一项专利的获得需要经过许许多多的手续，包括提交专利申请、编写说明书及其摘要和权利要求书等。
说明书中公开的技术和权利要求书中请求保护的范围必须协调一致，未公开的技术内容不能请求保护，虽然公开但是未能恰当地请求保护也得不到相应的权利。
2. 文档质量高、成功率高。 要撰写出一套合格的专利申请文件，没有受过专门训练和具有撰写实践的人是很难写好专利申请文件的。
国家专利局对申请文件的格式有比较严格的要求.如果文件不符合要求,会被要求补正,所以国家专利局一般会建议由代理公司来申请。
撰写权利要求必须用专门的法律语言，准确地限定保护范围。在整个专利申请中，还要注意遵守引起不利法律后果的各种限制。
如果违反国家法律、社会公德或者妨害公共利益的发明创造，不能提出申请;缺乏应当具有的专利条件，也不能提出申请;
还包括对公开专利提出的异议的及时答辩，宣告专利无效或者撤销及侵犯专利权的行为向人民法院提起诉讼和为了维持专利权按时如数缴纳专利年费等。
要及时正确地完成法律规定的撰写手续和要求，就需要懂得有关发明的技术知识，掌握专利法的规定和实质，熟悉专利业务，
具备专门从事这些工作的时间和精力，而专利代理人则可以帮助发明人圆满地完成这些必要的工作
3.手续简单，省时高效，降低风险。
在申请文件提交以后，还有许多需要办理的手续，有可能还要答复审查员提出的意见。如果有一个环节出了问题，就可能前功尽弃，造成不应有的却无法挽回的损失
4.专家指导，知识全面，考虑周到细致，加快审批速度
专利代理机构是办理专利申请及其他专利事务的专门机构。在专利代理机构工作的专利代理人是既懂专业技术、又懂专利法及有关规定的专门人才。
所以，到专利代理机构委托专利代理人办理专利申请及其他专利事务，不仅可以避免不应有的损失，而且可以提高专利申请的质量，加快审批速度，
虽然要花费一笔代理费用，但委托人可以获取比代理费更为可观的利益，达到事半功倍的效果。
1、专业知识
撰写专利文件并不是只懂得技术就可以完成的，还需要懂得专利的审查标准以及相关法律知识，而且专利代理人也更清楚，专利局所要求的文件格式及所要突出的技术点。
2、国家资质
第三方代理机构也分为有资质和无资质，这两者最大的区别就是有无被专利局审批授权。正规的专利代理机构是可以在知识产权局官网上查到资质。
1984年中国专利制度成立，早先建立了一批专利代理机构，此时，专利代理机构已属于国家单位。2003年国家实行脱钩改制，专利代理机构开始走向市场化。
3、难易程度
专利中价值最高、难度最大的是发明专利。发明专利的申请时间很长，且中间还需要答辩。实用新型专利和外观设计专利的申请虽然时间没有那么长，但是专利授权以后也要交年费。