PCT国际申请的两个阶段分为国际阶段和国家阶段。PCT国际申请先要进行国际阶段程序的审查，然后再进入国家阶段程序的审查。申请的提出、国际检索和国际公布在国际阶段完成。如果申请人要求，国际阶段还包括初步审查程序。是否授予专利权的工作在国家阶段由被指定/选定的各个国家局完成。
通常，其申请程序如下。首先，要具有向中国国家知识产权局提出PCT国际申请的资格;之后便是办理PCT国际申请所需的文件，向“中国国家知识产权局专利局受理处PCT组”提交申请文件，为获得国际申请日，需注意以下内容：
1)撰写申请文件语言选择中文或英文;
2)申请书必须写明是作为PCT国际专利申请提出(使用国际局统一制定的申请书);
3)提交说明书;
4)提交权利要求书;
5)如有必要，最好及时提交附图、摘要、委托书等;
6)所有国际阶段的文件仅需提交一式一份;
7)缴费(国际申请收到之日起1个月内);
8)缴费后会启动“国际检索”(期限是自收到检索本之日起三个月或自优先权日起九个月，以后到期为准);
9)申请人将得到一份国际检索报告和一份书面意见(提供对比文献，新颖性、创造性、工业实用性等意见);
10)国际公布(自优先权日起十八个月，由世界知识产权组织国际局负责完成国际公布，当然申请人可申请提前公布);
11)进行国际初步审查(可针对自身情况选择是否进行);
12)国家阶段(申请人应当在自优先权日起三十个月，向希望获得专利保护的国家提交该国规定的国际申请的译文，缴费，指明保护类型等);
申请人可以通过纸件或者电子途径递交PCT国际申请。
纸件形式
①面交。申请人可以直接将申请材料送交至国家知识产权局专利局受理大厅PCT窗口。目前专利局各代办处仍无法受理PCT国际申请。
②邮寄。寄交地址为北京市海淀区蓟门桥西土城路6号国家知识产权局专利局受理处PCT组，邮编为100088。
③传真方式。传真电话为010-62019451，传真确认电话为010-62084160，并在传真之日起14天之内将传真原件寄至专利局受理处PCT组。
电子途径
中国国家知识产权局作为受理局，目前有3种电子提交途径：PCT-SAFE客户端、CEPCT离线客户端、CEPCT电子申请网(网址为http://www.pctonline.sipo.gov.cn)。建议申请人直接通过CEPCT离线客户端来提交电子形式的申请文件，因为该客户端不仅可以直接编辑 XML格式的文件，使申请人在费用方面可以享受更多优惠，后续还可以提交中间文件、接收电子形式通知书等。需要提醒申请人注意的是，PCT国际专利申请的申请日的确定不同于普通国家申请。普通国家申请以信封上清晰的寄出邮戳日作为申请日，而在PCT国际专利申请中，邮寄日不具有确定申请日的效力，是以专利局受理处PCT组实际收到日作为国际申请日。所以，当出现优先权即将到期的情况时，申请人最好通过电子途径递交，如果申请人希望以纸件形式递交申请文件，那么最好通过传真方式递交，并在14天之内寄交传真原件，这样就以专利局受理处PCT组收到完整的传真文件的日子作为国际申请日。
与不使用PCT相比，申请人可以多获得长达18个月的时间，来考虑是否值得在外国寻求保护、在各国聘请当地代理人、准备必要的翻译并缴纳国家费用。
只要国际申请符合PCT规定的形式要求，任何PCT缔约国的专利局在国家阶段处理中都不能以形式方面的理由予以驳回。
国际检索报告和书面意见含有发明专利性的重要信息，为申请人决定如何采取下一步行动提供了坚实的基础。
申请人有机会在可选的国际初步审查阶段修改国际申请，与审查员对话以对申请进行充分辩解，并且在各国家专利局处理之前使申请就绪。
国际申请附具的国际检索报告、书面意见以及专利性国际初步报告可以显著减少国家阶段各专利局的检索和审查工作。
如果缔约国签订有PCT专利审查高速公路(PCT-PPH)协议或类似协议，则在其国家阶段，申请人还有可能加快审查程序。
由于在公布每一份国际申请时，还要同时公布国际检索报告，因此第三方可以更好地评估要求保护的发明的专利性。
对于申请人而言，在线国际公布能让发明为全世界所了解。申请人还可通过PATENTSCOPE表明签订许可协议的意愿，这是进行广告和寻找潜在被许可人的有效途径。
申请人还可以节约用于文件准备、通信和翻译等其他方面的费用，因为国际阶段所完成的工作在各国家局一般不再重复(例如，申请人只需提供一份优先权文件副本，而无需提供多份副本)。
如果申请人的发明在国际阶段结束时看起来无法获得专利，那么申请人可以放弃 PCT申请，从而节省在各国聘请当地专利代理人、准备必要译文和缴纳国家费用等方面的花费，而这些花费在直接向外国寻求保护时将已经发生。