一般来讲，PCT专利申请需要提交的费用为三类：传送费、检索费和国际提交费。这些费用均可提交至受理局，并由受理局根据实际情况转交至国际局或国际检索单位。其中，汇率一般以受理局所在国家为准。关于国际申请的以上费用，在一些情况下，申请人可以享受费用的减免，例如：当受理局所在国的人均PCT申请量低于特定的数目，或在一些不发达国家提交申请时。另外，在某些特定的国家，使用电子提交也会享受国际提交费用的减免。以受理局为中国国家知识产权局为例，提交一份国际申请的费用包括：
(1)国际申请费
• 国际申请文件不超过30页CHF(瑞士法郎)1330 • 超出部分每页加收CHF15
(2)手续费CHF 200
(3)滞纳金按应缴纳费用的50%计收
• 滞纳金数额按最低不少于传送费
• 最高不多于国际申请费第一项的50%收取
PCT专利申请国际阶段的费用—— CNIPA收取的费用
(1)申请费发明CNY 900;实用新型 CNY 500
(2)印刷费 CNY 50
(3)宽限费 CNY 1000
(4)优先权要求费 CNY 80/项
(5)改正译文错误手续费(初审阶段) CNY 300
(6)改正译文错误手续费(实审阶段) CNY 1200
(7)单一性恢复费 CNY 900
(8)改正优先权要求请求费 CNY 300
(9)优先权恢复费 CNY 1000
另外，PCT进入国家阶段涉及的实审阶段收费如下：
• 由中国国家知识产权局作为受理局受理的 PCT申请在进入国家阶段时免缴申请费及申请附加费;提出实质审查请求时，减缴 50%的实质审查费。
• 由中国国家知识产权局作出国际检索报告或专利性国际初步报告的 PCT申请，在进入国家阶段并提出实质审查请求时，免缴实质审查费。
• 由欧洲专利局、日本特许厅、瑞典专利局三个国际检索单位作出国际检索报告的 PCT申请，在进入国家阶段并提出实质审查请求时，减缴20%的实质审查费。
• PCT申请进入中国国家阶段的其他收费标准依照国内部分执行。