1983年之前，马来西亚的知识产权由商标和代理人办公室管理。该办公室于1983年更名为商标与专利办公室，并由当时的贸易和工业部管辖。
1990年10月27日，贸易和工业部改组为国内贸易与消费者事务部，现称为国内贸易、合作与消费主义部。同时，商标与专利办公室变更为知识产权司，负责管理马来西亚《1983年专利法》《1976年商标法》和《1987年版权法》。
马来西亚《1996年工业品外观设计法》于1999年生效，随后是《2000年集成电路布图设计法》。2001年，《2000年地理标志法》生效。
为响应国内和国际知识产权的发展，该司于2003年3月3日被公司化，名称为马来西亚知识产权公司(PHIM)。2005年3月3日，即马来西亚首届国家知识产权日，该公司首字母缩略词PHIM变更为MyIPO。
直接向马来西亚申请专利的流程
马来西亚专利申请基本程序包括：
1.专利检索
马来西亚申请专利的新颖性实行国际新颖性，所以建议申请人在申请前针对包括马来西亚在内的各国已注册或已申请的专利进行检索，确定申请专利或实用新型的新颖性。实用新型则采用国内新颖性，只需要检索马来西亚国内已注册或已申请的专利或实用新型。可用检索工具如下：
● 马来西亚专利检索
● 欧洲专利局Espacenet
● 世界知识产权局专利数据库
● Depatisnet数据库
2.申请
申请方式包括现场申请在线申请(在线申请注意事项)。申请所需文件：
● 申请表(范本);
● 如申请人不是发明人，应在提交申请表的时候附申请人具有专利申请权的说明;
● 权利要求权;
● 专利说明书;
● 摘要;
● 图样;
● 优先权文件(如有)。
如果收到申请时，发现该申请未完全满足申请要求，则可以要求申请人进行补正。申请人在符合规定要求后，应当将收到补正文本的申请日作为该申请的申请日，申请人未进行补正的，该申请视为无效。
3.初步审查
确定申请日后且申请人未撤回的，MyIPO应当审查该申请是否符合法律规定的形式要求。如果审查人员发现该专利申请不符合形式审查的要求，申请人应在规定时间内陈述意见并对申请进行修改。如果申请人未按要求修改，驳回该申请。
4.请求实质审查
如果申请已经通过初步审查，并且没有撤回或被驳回，申请人应在规定期限内提交实质审查申请表。
5.实质审查
申请人提出实质审查申请后，审查员将审查决定该申请是否符合法律规定的实质性条件。如果该申请未能满足法律规定的实质条件，申请人可以在规定期限内对申请内容进行修正，以使该申请符合这些条件。如果申请人修改后的申请未能满足这些条件或未进行修改，MyIPO驳回该专利申请。
除根据一般规定提出实质审查申请外，申请人还可以通过提交快速审查批准申请书申请MyIPO对申请进行快速申请，具体见快速审查申请流程。
6.专利权的授予
如申请符合社会公共秩序和道德标准，并且通过MyIPO初步审查和实质审查后，应当授予专利权，并向申请人颁发专利证书以及附有审查员报告副本的专利副本;将专利记录在专利登记簿中。
7.公开
在申请日或优先权日18个月后，MyIPO应公开专利申请供公众查询。
马来西亚专利保护期
发明专利的保护期为自申请之日起20年。
以下情形不具有可专利性：
1.发现、科学理论和数学方法;
2.动植物的品种或动植物生产的生物学方法，不包括人造微生物、微生物学以及用该方法所获得的微生物制品;
3.商业活动、智力活动、游戏的方案、规则和方法;
4.人类或动物外科手术、治疗、诊断方法。